При установке лицензии на платформу 1С 8.3 может возникнуть ошибка несовпадения ID диска под разными учётными записями, из-за чего платформа ругается на отсутствии лицензии.

Динамическое перераспределение ресурсов VMware ESX оказалось не причём. Тем более хостинг-провайдер VDS сказал, что оно отключено.
Дело оказалось банально в правах на учётную запись, от которой устанавливается лицензия. После выдачи административных привилегий всё получилось.